В ходе своей работы НИИ СИТ активно поддерживает научные связи с такими организациями как:
- Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Boehringer Ingelheim International GmbH
- Global Integrity
- Imago Foundation
- ФГБУ «Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере»
- Российский фонд фундаментальных исследований
- Московский физико-технический институт
- Российская академия народного хозяйства и государственной службы при Президенте РФ
- Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова
- Российский экономический университет им. Г.В. Плеханова
- Национальный исследовательский Саратовский государственный университет
- Саратовский государственный медицинский университет
- Саратовский государственный политехнический университет
