Правление является высшим коллегиальным органом управления институтом и определяет приоритетные направления его деятельности. Не менее чем две трети членов Правления НИИ СИТ не могут являться его сотрудниками.
Ученый совет решает основные вопросы научного развития института. Ученый совет состоит из руководителей научных направлений и возглавляется научным руководителем НИИ СИТ.
В отделе проводятся научные исследования проблем управления качеством и экономического развития предприятий. Совместно с компанией «МакФин Бизнес-аналитика» центр занимается разработкой и внедрением систем менеджмента качества для научных и производственных организаций любого уровня.
Лаборатория занимается прикладными научными исследованиями в сфере моделирования и оптимизации бизнес-процессов. В рамках консорциума ISEI оказываются услуги инжиниринга бизнес-процессов для компаний.
Отдел занимается изучением мировых требований, предъявляемых к качеству и безопасности продукции и услуг, а также организации бизнес-процессов, разработкой стандартов качества международного уровня. Также отдел оказывает услуги добровольной сертификации.
Отдел осуществляет научно-техническую деятельность, направленную на изучение, апробирование, внедрение и масштабирование новых технологий в процессы производства, научных исследований и менеджмента. Экспериментальные разработки центра применяются при совершенствовании разрабатываемых институтом стандартов.
Отдел занимается фундаментальными исследованиями проблем конкуренции и повышения уровня качества продукции, приобретаемой для государственных заказчиков в России и за рубежом.
Отдел занимается управлением международными связями НИИ СИТ и развивает сотрудничество с зарубежными вузами, периодическими изданиями и научными центрами. Отдел курирует основные потребности мирового научного сообщества и разрабатывает перспективные направления работы с иностранными партнерами.
Отдел занимается изучением методологии big data, анализом технологий, используемых в сфере обработки больших данных, и исследованием применимости тех или иных методов в построении реальных математических моделей для науки и бизнеса. Результаты научной работы данного отдела применяются компанией «МакФин Бизнес-аналитика» при осуществлении статистической обработки данных и построения моделей для научных работ.